ความแตกต่างที่สำคัญ: Archaea เป็นสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวที่ขาดนิวเคลียสและปล่อยก๊าซมีเทนในรูปของผลิตภัณฑ์เมตาบอลิซึม แบคทีเรียเป็นสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวที่ขาดนิวเคลียสไมโตคอนเดรียคลอโรพลาสต์ golgibodies และ ER

สิ่งมีชีวิตมีความสำคัญต่อการดำรงอยู่ของเราในฐานะมนุษย์และสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ที่วิวัฒนาการมาจากพวกเขา สิ่งมีชีวิตสามารถแบ่งได้เป็นสองประเภท: ยูคาริโอตและโปรคาริโอต โปรคาริโอตจุลินทรีย์สามารถจำแนกได้เป็นสามโดเมน: ยูคาริยา, แบคทีเรียและอาร์เคีย สิ่งนี้อาจกลายเป็นความสับสนเล็กน้อยเนื่องจากภาพทั้งสองนี้มีลักษณะคล้ายกันและมักจะสับสนโดยดูจากลำพังแม้ว่าสิ่งเหล่านี้จะแตกต่างจากกันในหลาย ๆ ด้าน

Archaea เป็นโดเมนของจุลินทรีย์เซลล์เดียว Archaea ถูกจัดอยู่ภายใต้โปรคาริโอตในฐานะ archaebacteria แต่การจำแนกประเภทนี้ถือว่าล้าสมัยไปแล้ว ปัจจุบันอาร์เคียเป็นโดเมนที่เหมาะสมในระบบสามโดเมนสำหรับสิ่งมีชีวิตชนิดเซลล์เดียวเนื่องจากมีประวัติที่เป็นอิสระและมีความแตกต่างมากมายจากจุลินทรีย์อื่น ๆ อาร์เคียแบ่งออกเป็นสี่จำ phyla แต่อีกหลายคนอาจจะมีไฟลา คำว่า 'archaea' มาจากภาษากรีกโบราณἀρχαῖαหมายถึง "สิ่งโบราณ" จุลินทรีย์อาร์เคียไม่มีนิวเคลียสของเซลล์หรือสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ที่อยู่ในเยื่อหุ้มเซลล์ Archaea ถูกแบ่งออกเป็นกลุ่มแรกในปี 1977 โดย Carl Woese และ George E. Fox ตามลำดับของยีน ribosomal RNA (rRNA) เดิมเรียกว่า Archaebacteria และ Eubacteria ซึ่งต่อมาถูกเปลี่ยนชื่อเป็น Archaea และ Bacteria Merriam Webster กำหนด 'archaea' เป็น "จุลินทรีย์ของโดเมน (Archaea) รวมถึงโดยเฉพาะอย่างยิ่งรูปแบบการผลิตก๊าซมีเทนรูปแบบ halophilic สีแดงบางรูปแบบและอื่น ๆ ของสภาพแวดล้อมที่เป็นกรดร้อนที่รุนแรง (เป็นน้ำพุร้อน)"

อาร์เคียนั้นคล้ายกับแบคทีเรียในรูปร่างและขนาด นี่คือที่ที่เกิดความสับสน แต่บาง archaea มีรูปร่างที่ผิดปกติมากเช่นสิ่งมีชีวิต Haloquadratum walsbyi มีเซลล์แบนและรูปสี่เหลี่ยม อาร์เคียยังเป็นสิ่งมีชีวิตที่เก่าแก่ที่สุดที่ถูกค้นพบ พวกมันอยู่ในช่วงตั้งแต่ 0.1 ไมโครเมตร (μm) ถึงมากกว่า 15 μmในเส้นผ่าศูนย์กลางและเกิดขึ้นในรูปทรงต่าง ๆ รวมถึงทรงกลม, แท่ง, แท่ง, เกลียว, แผ่น, เซลล์ lobed, เส้นใยเหมือนเข็มและแท่งสี่เหลี่ยม ถึงแม้ว่าอาร์เคียจะดูคล้ายกับแบคทีเรีย แต่ก็มียีนและเส้นทางการเผาผลาญที่คล้ายกับยูคาริโอตรวมถึงมีอาร์เอ็นเอสาม RNA อาร์เคียพึ่งพาไขมันอีเธอร์ในเยื่อหุ้มเซลล์เพื่อความอยู่รอด คุณลักษณะที่เป็นเอกลักษณ์อีกอย่างของอาร์เคียคือพวกมันสามารถอยู่รอดได้ในสภาวะที่รุนแรงเช่นน้ำร้อนมากเย็นจัดหรือน้ำเค็มมาก นอกจากนี้ผนังเซลล์อาร์เคียยังขาด peptidoglycan ซึ่งมีอยู่ในแบคทีเรีย ในอาร์เคียส่วนใหญ่ผนังนั้นประกอบขึ้นจากโปรตีนชั้นผิวซึ่งเป็นโมเลกุลของโปรตีนที่มีความแข็งแรงเพื่อปิดด้านนอกของเซลล์คล้ายกับเชนเมล์ Archaea ได้รับพลังงานจากแหล่งต่าง ๆ เช่นน้ำตาล, แอมโมเนีย, ไอออนของโลหะ, ก๊าซไฮโดรเจน, แสงแดดและคาร์บอนในขณะที่ผลิตไนโตรเจน, มีเทน, กรดซัลฟิวริก ฯลฯ เป็นผลพลอยได้ อาร์เคียทำซ้ำผ่านมาตรการเช่นฟิชชันแบบไบนารีการแยกส่วนหรือการแตกหน่อ อาร์เคียเล่นและเล่นเป็นส่วนใหญ่ในวัฏจักรคาร์บอนและวัฏจักรไนโตรเจนบนโลก

แบคทีเรียเป็นโดเมนที่ใหญ่ที่สุดของจุลินทรีย์โปรคาริโอต พวกเขาเชื่อว่าเป็นหนึ่งในรูปแบบสิ่งมีชีวิตแรกที่ปรากฏบนโลกและมีอยู่ในแหล่งที่อยู่อาศัยส่วนใหญ่รวมถึงพำนักอยู่ในร่างกายมนุษย์สัตว์และพืช ประมาณว่ามีแบคทีเรียประมาณ 5 ล้านตัว (5 × 10 ^ 30) ในโลก แม้ว่าในขั้นต้นแบคทีเรียได้รับการยกย่องว่าเป็นพืชที่ประกอบขึ้นเป็นคลาส Schizomycetes แต่ตอนนี้มันถูกจำแนกภายใต้โปรคาริโอต ต่างจากเซลล์ของยูคาริโอตเซลล์แบคทีเรียไม่มีนิวเคลียสและไม่ค่อยมีเยื่อหุ้มเซลล์ คำว่า 'แบคทีเรีย' เป็นพหูพจน์ของ 'แบคทีเรีย' ละตินใหม่และมาจากกรีกβακτήριον (baktērion) และβακτηρία (baktēria) ซึ่งหมายถึง "ไม้เท้า" ซึ่งหมายถึงรูปร่างของสิ่งมีชีวิตที่พบที่ เวลา. คำว่า 'แบคทีเรีย' ถูกใช้เพื่ออ้างถึงโปรคาริโอตทั้งหมดแม้ว่ามันจะเปลี่ยนไปในภายหลังเนื่องจากการค้นพบเพิ่มเติมพบว่ามีความแตกต่างระหว่างสิ่งมีชีวิต

แบคทีเรียมักจะมีความยาวไม่กี่ไมโครเมตรพบได้ในหลากหลายรูปแบบรวมถึง cocci, bacilli, vibrio, spirilla, spirochaetes และ cuboidal เซลล์แบคทีเรียมีขนาดประมาณหนึ่งในสิบของเซลล์ยูคาริโอตและโดยทั่วไปจะมีความยาว 0.5–5.0 ไมโครเมตร รูปร่างของแบคทีเรียจะถูกกำหนดโดยผนังเซลล์และโครงร่างโครงร่างของเซลล์ซึ่งเปลี่ยนแปลงและปรับตัวเพื่อรับสารอาหารที่เหมาะสมติดกับพื้นผิวว่ายน้ำผ่านของเหลวและสัตว์ที่หลบหนี ผนังของแบคทีเรียล้อมรอบด้วยเมมเบรนไขมันที่ล้อมรอบและเก็บสารอาหารโปรตีนและส่วนประกอบสำคัญอื่น ๆ ของไซโตพลาสซึมภายในเซลล์ ในฐานะโปรคาริโอตแบคทีเรียไม่ได้มีออร์แกเนลล์ที่จับกับเยื่อหุ้มเซลล์ดังนั้นจึงมีโครงสร้างภายในเซลล์ขนาดใหญ่จำนวนน้อย พวกเขาไม่มีนิวเคลียสที่แท้จริงไมโตคอนเดรียคลอโรพลาสต์และออร์แกเนลล์อื่น ๆ พวกเขายังมีพอลิเมอร์ RNA เพียงตัวเดียว เยื่อหุ้มเซลล์นั้นมีพันธะเอสเตอร์ในขณะที่ผนังเซลล์ทำจาก peptidoglycan แบคทีเรียเจริญเติบโตและสืบพันธุ์โดยการแบ่งเซลล์แบบฟิชชัน

แบคทีเรียเป็นส่วนสำคัญของโลกและมีบทบาทอย่างมากในการรีไซเคิลสารอาหารเช่นการตรึงไนโตรเจนจากบรรยากาศและการเน่าสลาย แม้ในสภาวะที่รุนแรงแบคทีเรียยังให้สารอาหารที่จำเป็นต่อการดำรงชีวิตด้วยการเปลี่ยนสารประกอบที่ละลายเช่นไฮโดรเจนซัลไฟด์และมีเธน แบคทีเรียยังเป็นอันตรายต่อร่างกายด้วยการผลิตโรคต่าง ๆ ในมนุษย์เช่นโรคทางเดินหายใจเชื้อเอชไอวีและอื่น ๆ สำหรับโรคภัยไข้เจ็บหลายชนิดยาปฏิชีวนะจะถูกใช้เพื่อกำจัดแบคทีเรียที่เป็นอันตรายต่อร่างกาย แบคทีเรียยังมีประโยชน์อื่น ๆ เช่นการบำบัดน้ำเสียการทำลายคราบน้ำมันการผลิตชีสและโยเกิร์ตการกู้คืนทองคำแพลเลเดียมทองแดงและโลหะอื่น ๆ