ความแตกต่างที่สำคัญ: พระคัมภีร์คาทอลิกมีหนังสือสี่สิบหกฉบับดั้งเดิมของพันธสัญญาเดิม (ซึ่งรวมถึงเจ็ดเล่มของ Apocrypha) และหนังสือยี่สิบเจ็ดในพันธสัญญาใหม่ พระคัมภีร์โปรเตสแตนต์มีเพียงหนังสือสามสิบเก้าเล่มในพันธสัญญาเดิมและหนังสือยี่สิบเจ็ดเล่มในพันธสัญญาใหม่

ปัญหาหลักในขณะที่ความแตกต่างระหว่างคาทอลิกและคริสเตียนเกิดขึ้นเมื่อหลายคนไม่ทราบว่าโรมันคาทอลิกเป็นนิกายของศาสนาคริสต์เช่นเดียวกับคริสตจักรออร์โธดอกซ์ตะวันออกและนิกายโปรเตสแตนต์ต่าง ๆ นิกายของโปรเตสแตนต์รวมถึง Lutheran, Baptist, Anglican, Calvin, Quakers, Shakers ฯลฯ ดังนั้นเมื่อเราใช้พระคัมภีร์เกี่ยวกับคาทอลิกและคริสเตียนเราหมายถึงพระคัมภีร์ที่ใช้โดยคาทอลิกและโปรเตสแตนต์ตามลำดับ

ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างคริสตจักรคาทอลิกและโปรเตสแตนต์คือความเชื่อในพระคัมภีร์ ชาวคาทอลิกมองว่าพระคัมภีร์มีอำนาจเท่าเทียมกับศาสนจักรและประเพณีในขณะที่โปรเตสแตนต์มองว่าพระคัมภีร์เป็นผู้มีอำนาจสูงสุดสำหรับความเชื่อและการปฏิบัติ

หนึ่งควรทราบว่าพระคัมภีร์ไม่ได้เป็นเพียงหนังสือเล่มหนึ่ง; มันคือชุดของหนังสือจากงานเขียนถึงเหตุการณ์ทางประวัติศาสตร์ มันเป็นห้องสมุดของเรื่องราวชีวิตของพระเยซูอัครสาวกและชีวิตของพวกเขาหลังจากที่พระเยซูสิ้นพระชนม์บนไม้กางเขน ในช่วงปลายศตวรรษที่ 4 หนังสือและเรื่องราวต่าง ๆ เหล่านี้ได้รับการปรับให้เป็นเล่มเดียวซึ่งเป็นพระคัมภีร์ที่ทันสมัยอย่างที่เรารู้ พระคัมภีร์ใหม่ประกอบด้วยสองส่วนคือพันธสัญญาเดิมและพันธสัญญาใหม่

ทั้งพระคัมภีร์คาทอลิกและโปรเตสแตนต์รวมถึงพันธสัญญาใหม่ในรูปแบบเดียวกัน ความแตกต่างเกิดขึ้นในพันธสัญญาเดิม พันธสัญญาเดิมที่รวมอยู่ในพระคัมภีร์โปรเตสแตนต์เปลี่ยนไปเป็นนักบุญของหลักคำสอนหรือหนังสือ Canonization เป็นกระบวนการในการเลือกหนังสือที่ควรอยู่และเป็นส่วนหนึ่งของพระคัมภีร์และควรแยกออก โปรเตสแตนต์ไบเบิลรวมเฉพาะหนังสือที่ถือว่าเป็นคำพูดของพระเจ้า ไม่รวมหนังสือและเรื่องราวที่ถูกเขียนโดย 'man' กระบวนการทำให้เป็นนักบุญนี้ใช้เวลาหลายศตวรรษ

พันธสัญญาเดิมในคัมภีร์ไบเบิลต้นฉบับมีพื้นฐานมาจากการแปลภาษากรีกของชาวยิวในพระคัมภีร์ที่เรียกว่าพระคัมภีร์ไบเบิลฉบับ ประมาณ 100 AD พระแรบไบของชาวยิวได้แก้ไขพระคัมภีร์ของพวกเขาและสร้างบัญญัติของศาสนายูดายอย่างเป็นทางการซึ่งไม่รวมบางส่วนของพระคัมภีร์ไบเบิลฉบับกรีก

หนังสือที่ถูกลบคือ Tobit, Judith, 1 Maccabees, 2 Maccabees, ภูมิปัญญา (ของ Solomon), Sirach และ Baruch บางส่วนของหนังสือที่มีอยู่ก็ถูกลบออกเช่นสดุดี 151 (จากสดุดี), บางส่วนของพระคัมภีร์เอสเธอร์, ซูซานนา (จากดาเนียลในบทที่ 13), และเบลและมังกร (จากดาเนียลเป็นบทที่ 14)

คัมภีร์ไบเบิลยังคงใช้ข้อความของพระคัมภีร์ไบเบิลฉบับเดิมเป็นพันธสัญญาเดิมต่อไป อย่างไรก็ตามในช่วงปี 1500 ผู้นำนิกายโปรเตสแตนต์ตัดสินใจจัดระเบียบเนื้อหาในพระคัมภีร์เดิมตามหลักการของศาสนายูดายอย่างเป็นทางการแทนพระคัมภีร์ไบเบิลฉบับเก่า พวกเขาแจกพันธสัญญาเดิมออกเป็นสองส่วน เนื้อหาในพันธสัญญาเดิมที่ไม่ได้อยู่ในศีลของชาวยิวถูกย้ายไปอยู่ในส่วนที่แยกต่างหากของพระคัมภีร์ที่เรียกว่า Apocrypha ดังนั้นพระคัมภีร์โปรเตสแตนต์จึงรวมสามส่วน: หนังสือยี่สิบสี่เล่มของฮีบรูไบเบิลแบ่งออกเป็นหนังสือสามสิบเก้าเล่มเป็นพันธสัญญาเดิมฉบับแก้ไขหนังสือยี่สิบเจ็ดเล่มในพันธสัญญาใหม่รวมถึงพระวรสารนักบุญสี่คน Epistles หรือตัวอักษรยี่สิบเอ็ดและหนังสือวิวรณ์และหนังสือเจ็ดเล่มใน Apocrypha ในช่วงทศวรรษที่ 1800 Apocrypha ถูกทิ้งในที่สุดก็เป็นรูปแบบของโปรเตสแตนต์ในพระคัมภีร์ หนังสือของ Apocrypha ยังเป็นที่รู้จักกันในนามหนังสือดิวเทอโรเคน

อย่างไรก็ตามคริสตจักรโรมันคาทอลิกไม่ได้ทำตามขั้นตอนของโปรเตสแตนต์และยังคงยึดถือพันธสัญญาเดิมของพวกเขาในพระคัมภีร์ไบเบิลฉบับเก่า ดังนั้นโดยทั่วไปพระคัมภีร์คาทอลิกยังคงมีหนังสือสี่สิบหกฉบับดั้งเดิมของพันธสัญญาเดิม (ซึ่งรวมถึงเจ็ดเล่มของ Apocrypha) และหนังสือยี่สิบเจ็ดของพันธสัญญาใหม่ ในขณะที่คัมภีร์ไบเบิลของโปรเตสแตนต์นั้นรวมถึงหนังสือสามสิบเก้าเล่มในพันธสัญญาเดิมและหนังสือยี่สิบเจ็ดเล่มในพันธสัญญาใหม่