ความแตกต่างที่สำคัญ: ปัจจุบันหมึกสองสีที่ใช้กันมากที่สุดคือหมึกสีและหมึกย้อม หมึกสีย้อมนั้นมีอยู่ทั่วไปในขณะที่สีย้อมสีได้รับความนิยมเมื่อเร็ว ๆ นี้ ในทางตรงกันข้ามหมึกสีมีราคาแพงกว่าสีเร็วกว่าและมีความสม่ำเสมอของสีและช่วง

ปัจจุบันหมึกสองชนิดที่ใช้กันมากที่สุดคือหมึกพิมพ์สีและหมึกย้อม หมึกสีย้อมนั้นมีอยู่ทั่วไปในขณะที่สีย้อมสีได้รับความนิยมเมื่อเร็ว ๆ นี้ ในทางตรงกันข้ามหมึกสีมีราคาแพงกว่าสีเร็วกว่าและมีความสม่ำเสมอของสีและช่วง มีเหตุผลหลายประการสำหรับเรื่องนี้

หมึกสีเป็นสารสีที่แขวนลอยในหมึกเพื่อให้สี รงควัตถุเป็นของแข็งและทึบแสงอนุภาคที่ทำโดยการเชื่อมโยงโมเลกุลของรงควัตถุในโครงสร้างผลึก แหล่งที่มาและประเภทของเม็ดสีส่งผลโดยตรงต่อสีความอิ่มตัวและความจางของหมึก

ในทางตรงกันข้ามหมึกที่ใช้สีย้อมนั้นเป็นสีย้อมต่าง ๆ ที่ละลายในของเหลวซึ่งจะถูกดูดซึมเข้าไปในกระดาษที่ย้อมสีกระดาษด้วยสีย้อม โดยทั่วไปมีความแข็งแรงกว่าหมึกสี พวกเขายังสามารถผลิตสีของความหนาแน่นที่กำหนดต่อหน่วยมวลเช่นหมึกน้อยสามารถแพร่กระจายบนพื้นที่กระดาษขนาดใหญ่

เนื่องจากหมึกพิมพ์ที่ใช้สีย้อมนั้นถูกดูดซึมเข้าไปในกระดาษจึงมีแนวโน้มที่จะตกที่ขอบของภาพ หมึกพิมพ์สีไม่มีปัญหานี้เนื่องจากผงหมึกติดกับพื้นผิวของกระดาษ หมึกเหล่านี้มีโอกาสตกเลือดน้อยกว่ามาก

หมึกสีย้อมมีแนวโน้มที่จะซีดจางหรือเปลี่ยนสีหลังจากผ่านไประยะเวลาหนึ่ง หากภาพได้รับแสงแดดเป็นระยะเวลานานภาพจะปรากฏเป็นสีจางลง หมึกสีไม่มีปัญหานี้ หมึกสีย้อมนั้นยังละลายน้ำได้ ดังนั้นหากกระดาษสัมผัสกับน้ำเพียงไม่กี่หยดภาพอาจมีเลือดออกหรือเปื้อน อีกครั้งหมึกสีมีแนวโน้มน้อยลงเนื่องจากไม่ละลายน้ำได้อย่างสมบูรณ์

นอกจากนี้หมึกสีมีความเสถียรมากกว่าหมึกสีย้อมทำให้ภาพมีอายุการใช้งานยาวนานขึ้น อย่างไรก็ตามสิ่งนี้ยังขึ้นอยู่กับคุณภาพของหมึกที่ใช้ด้วย หมึกสีคุณภาพสูงมีอายุการใช้งานยาวนานกว่า 200 ปีสำหรับกระดาษบางประเภทภายใต้สภาพแสงและกรอบที่เหมาะสม ในขณะที่หมึกที่ใช้สีย้อมสามารถมีอายุการใช้งานตั้งแต่ 10 ปีถึง 100 ปีภายใต้สภาวะที่เหมาะสม อย่างไรก็ตามสำหรับงานพิมพ์ส่วนใหญ่ประเด็นนี้ไม่ค่อยสำคัญนักโดยเฉพาะการพิจารณาว่าหมึกสีโดยทั่วไปมีราคาแพงกว่าหมึกพิมพ์สี

หมึกสีมีแนวโน้มที่จะมีความสว่างต่ำกว่าหมึกสี ยิ่งไปกว่านั้นหมึกพิมพ์สีต้องทนทุกข์ทรมานจากสภาพที่รู้จักกันในชื่อ metameric failure เนื่องจากมีแนวโน้มที่จะหักเหแสงในมุมที่แตกต่างกัน สิ่งนี้นำไปสู่บางสีที่ปรากฏเช่นสีอื่น ๆ ขึ้นอยู่กับมุมที่ผู้ดูมองไปที่ภาพ นอกจากนี้ตามที่ระบุไว้ก่อนที่หมึกสีจะไม่สามารถใช้ได้ในช่วงสีกว้างเช่นหมึกสี

นอกจากนี้หมึกสีย้อมยังมีข้อได้เปรียบเพิ่มเติมที่พวกเขาสามารถโต้ตอบกับส่วนผสมของหมึกอื่น ๆ ได้ดีกว่าเช่นสารเพิ่มความสว่างแบบออปติคัลและสารเพิ่มสี ดังนั้นหมึกพิมพ์สีจึงมีความหลากหลายมากกว่าหมึกสี

นอกจากนี้ควรทราบว่าหมึกสีไม่ควรใช้กับเครื่องพิมพ์ที่ใช้หมึกสีย้อมและในทางกลับกัน นี่คือส่วนใหญ่เนื่องจากหมึกมีความหนืดที่แตกต่างกันและหมึกเม็ดสีหนาจะอุดตันเครื่องพิมพ์ที่ใช้หมึกสีย้อม ในทางตรงกันข้ามหมึกสีย้อมจะไหลออกมามากเกินไปจากเครื่องพิมพ์หมึกสีซึ่งจะทำให้เลือดไหลออกมา